![[Experimental]](figures/lifecycle-experimental.svg)
When HES/SUS ICD/OPCS codes are provided in wide format you may want to clean them up into long for easier analysis. This function helps by reshaping long as a separate table. Ensuring they're separate allows you to retain source data, and aggregate appropriately later.
inpatient_codes(
x,
field_strings,
patient_id_vars,
type = c("icd9", "icd10", "opcs"),
.forceCopy = FALSE
)Arguments
- x
a data.frame or data.table containing inpatient data
- field_strings
a vector or string containing the regex for the the columns
- patient_id_vars
a vector containing colnames used to identify a patient episode or spell
- type
a string to denote if the codes are diagnostic or procedural
- .forceCopy
default FALSE; TRUE will force data.table to take a copy instead of editing the data without reference
Value
a separate table with codes and id in long form
Examples
inpatient_test <- data.frame(
id = c(1053L,5487L,8180L,528L,1085L,344L,2021L,2040L,
6504L,10867L,12411L,7917L,2950L,2812L,7757L,12227L,2675L,
8548L,536L,11830L,12708L,10421L,5503L,2494L,14001L),
spell_id = c("dwPDw","iSpUq","qpgk5","8vrJ1","BAur9","l6LZk",
"KJllb","tgZID","fJkh8","Y9IPv","DAlUZ",
"9Ooc4","hUxGn","wtMG9","dw3dO","cz3fI",
"gdxZK","npplb","tynBh","Uu0Sd","gV1Ac",
"vOpA1","ttlcD","Fqo29","ivTmN"),
primary_diagnosis_code = c("K602","U071-","I501","U071 ","J22X","J189",
"J189","I951","N130","U071","K510 D",NA,
"G409-","C780","N185","J955","K573","U071",
"I330","L309","M513","U071","A419","U071",
"N185-"),
secondary_diagnosis_code_1 = c("K641","J128-","I489","J128 ","Q348","F059",
"R296","R296","N131","J128","M0750A",NA,
"R401-","C782","Z491","C321","D125","J128",
"B952","J459","M4780","B972","N390","J128",
"Z491-"),
secondary_diagnosis_code_2 = c("E039","B972-","I10X","L031 ","Z115","I509",
"F051","I251","K862","B972","K590-",NA,
"E876-","C798","N085","Z938","I209","B972",
"I214","Z880","M8588","R296","B962","B972",
NA),
secondary_diagnosis_code_3 = c("I422","J9691","E119","I489 ","D509","I489",
"D509","I252","T391","J440","R21X-",NA,
"R945-","E119","M310","I480","I252","J9690",
"E111",NA,"Z115","R410","J181","Z518",NA),
secondary_diagnosis_code_4 = c(NA,"I10X-","E669","E109 ","K219","Z921","I251",
"I259","R458","B972","F200-",NA,"E039-",
"I10X",NA,"I500","F171","I489","E162",NA,
"I480","M2551","L892","E86X",NA),
secondary_diagnosis_code_5 = c(NA,"E119-","J449","F03X ",NA,"Z518","I252",
"I209","C61X","A419","R761-",NA,"E119-",
"K219",NA,"Z115","F329","N179","N179",NA,
"H353","Z638","L033","R54X",NA),
secondary_diagnosis_code_6 = c(NA,NA,"Z966","I10X ",NA,"N179","N183","Z115",
"K627","N390",NA,NA,"J459-","M4780",NA,
"Z900",NA,"I10X","R34X",NA,"I951","I10X",
"D510","F059",NA),
secondary_diagnosis_code_7 = c(NA,NA,"Z854","I679 ",NA,"N183","Z951","M190",
"R634","L031",NA,NA,"I10X-","M512",NA,
"Z921",NA,"E119","I959",NA,"H903","I678",
"K639","F03X",NA),
secondary_diagnosis_code_8 = c(NA,NA,"Z864","J459 ",NA,"E115","E119","N183",
"E111","E871",NA,NA,"R51X-","H409",NA,
"Z870",NA,NA,"J90X",NA,"M199","J459",
"N133","F29X",NA),
secondary_diagnosis_code_9 = c(NA,NA,"Z921","R296 ",NA,"L97X","I10X","M4806",
"E114","S099",NA,NA,"Q070-","H544",NA,
NA,NA,NA,"I501",NA,"K811","F03X","J90X",
"N189",NA),
secondary_diagnosis_code_10 = c(NA,NA,NA,"Z921 ",NA,"L089","Z921","N40X",
"G590","R296",NA,NA,"E668-","Z858",NA,NA,NA,
NA,"I489",NA,"K219","G20X","N202",
"F719",NA),
secondary_diagnosis_code_11 = c(NA,NA,NA,"Z515 ",NA,"R02X","Z507","Z864",
"E162","I489",NA,NA,"G473-","Z923",NA,NA,NA,
NA,"I447",NA,"J459","E119","L031",
"Z960",NA),
secondary_diagnosis_code_12 = c(NA,NA,NA,"Z501 ",NA,"B370","K579","Z955",
"E46X","Z921",NA,NA,"R600-","Z926",NA,NA,NA,
NA,"E86X",NA,"I10X",NA,"J981","Z922",
NA),
secondary_diagnosis_code_13 = c(NA,NA,NA,"Z507 ",NA,"E039","M109",NA,"I259",
"K709",NA,NA,"M1999","Z895",NA,NA,NA,NA,
"R33X",NA,"J40X",NA,"E119",NA,NA),
secondary_diagnosis_code_14 = c(NA,NA,NA,NA,NA,NA,"J459",NA,"N131","Z864",NA,
NA,"R468-","Z902",NA,NA,NA,NA,"R296",
NA,NA,NA,"I739",NA,NA),
secondary_diagnosis_code_15 = c(NA,NA,NA,NA,NA,NA,"Z880",NA,"K862","Z501",NA,
NA,"Z115-","Z971",NA,NA,NA,NA,"R468",
NA,NA,NA,"N183",NA,NA),
secondary_diagnosis_code_16 = c(NA,NA,NA,NA,NA,NA,"Z867",NA,"T391","Z505",NA,
NA,"Z501-","Z878",NA,NA,NA,NA,"R31X",
NA,NA,NA,"I489",NA,NA),
secondary_diagnosis_code_17 = c(NA,NA,NA,NA,NA,NA,"Z864",NA,"R458","Z518",NA,
NA,"Z507-","Z958",NA,NA,NA,NA,"Z115",
NA,NA,NA,"M549",NA,NA),
secondary_diagnosis_code_18 = c(NA,NA,NA,NA,NA,NA,"F03X",NA,"C61X",NA,NA,NA,
NA,"Z867",NA,NA,NA,NA,"I252",NA,NA,
NA,"I252",NA,NA),
secondary_diagnosis_code_19 = c(NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,"K627",NA,NA,NA,NA,
"Z864",NA,NA,NA,NA,"I259",NA,NA,NA,
"I259",NA,NA),
secondary_diagnosis_code_20 = c(NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,"R634",NA,NA,NA,NA,
"Z880",NA,NA,NA,NA,"I10X",NA,NA,NA,
"E669",NA,NA),
secondary_diagnosis_code_21 = c(NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,"E111",NA,NA,NA,NA,
"Z800",NA,NA,NA,NA,"I352",NA,NA,NA,
"Z867",NA,NA),
secondary_diagnosis_code_22 = c(NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,"E114",NA,NA,NA,NA,
"Z801",NA,NA,NA,NA,"R15X",NA,NA,NA,
"Z896",NA,NA),
secondary_diagnosis_code_23 = c(NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,"G590",NA,NA,NA,NA,
NA,NA,NA,NA,NA,"R32X",NA,NA,NA,
"Z960",NA,NA),
secondary_diagnosis_code_24 = c(NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,"E162",NA,NA,NA,NA,
NA,NA,NA,NA,NA,"R418",NA,NA,NA,
"Z874",NA,NA),
primary_procedure_code = c("H289",NA,"K634",NA,"X292",NA,NA,NA,NA,NA,
"H251",NA,"U051","L913","X403",NA,"H231",
"U071","M473","X384",NA,NA,NA,NA,"X403"),
primary_procedure_date = c("20170730",NA,"20201202",NA,"20170914",NA,NA,NA,
NA,NA,"20210105",NA,"20170724",
"20210111","20171114",NA,"20170622","20210104",
"20171013","20170313",NA,NA,NA,NA,
"20171107"),
secondary_procedure_code_1 = c("H626",NA,"Y534",NA,"U297",NA,NA,NA,NA,NA,
"Z286",NA,"Y981","Y031",NA,NA,"Z286",
"Y981",NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA),
secondary_procedure_date_1 = c("20170730",NA,"20201202",NA,"20170928",NA,NA,NA,
NA,NA,"20210105",NA,"20170724",
"20210111",NA,NA,"20170622","20210104",NA,NA,NA,
NA,NA,NA,NA),
secondary_procedure_code_2 = c("H444",NA,"Z941",NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,
"U212",NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,
NA,NA,NA),
secondary_procedure_date_2 = c("20170730",NA,"20201202",NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,
NA,NA,"20170729",NA,NA,NA,NA,NA,NA,
NA,NA,NA,NA,NA,NA),
secondary_procedure_code_3 = c(NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,"Y973",
NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,
NA),
secondary_procedure_date_3 = c(NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,
"20170729",NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,
NA,NA),
secondary_procedure_code_4 = c(NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,"Y982",
NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,
NA),
secondary_procedure_date_4 = c(NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,
"20170729",NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,
NA,NA),
secondary_procedure_code_5 = c(NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,"Z926",
NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,
NA),
secondary_procedure_date_5 = c(NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,
"20170729",NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,
NA,NA),
secondary_procedure_code_6 = c(NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,"O161",
NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,
NA),
secondary_procedure_date_6 = c(NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,
"20170729",NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,
NA,NA)
)
inpatient_codes(x=inpatient_test,
field_strings='diagnosis',
patient_id_vars = c('id','spell_id'),
type = 'icd10')
#> id spell_id order icd10 order_n
#> 1: 344 l6LZk primary_diagnosis_code J189 1
#> 2: 344 l6LZk secondary_diagnosis_code_1 F059 2
#> 3: 344 l6LZk secondary_diagnosis_code_2 I509 3
#> 4: 344 l6LZk secondary_diagnosis_code_3 I489 4
#> 5: 344 l6LZk secondary_diagnosis_code_4 Z921 5
#> ---
#> 280: 12708 gV1Ac secondary_diagnosis_code_11 J459 12
#> 281: 12708 gV1Ac secondary_diagnosis_code_12 I10X 13
#> 282: 12708 gV1Ac secondary_diagnosis_code_13 J40X 14
#> 283: 14001 ivTmN primary_diagnosis_code N185 1
#> 284: 14001 ivTmN secondary_diagnosis_code_1 Z491 2
inpatient_codes(x=inpatient_test,
field_strings=c('procedure_code','procedure_date'),
patient_id_vars = c('id','spell_id'),
type = 'opcs')
#> id spell_id order_n opcs date
#> 1: 536 tynBh 1 M473 20171013
#> 2: 1053 dwPDw 1 H289 20170730
#> 3: 1053 dwPDw 2 H626 20170730
#> 4: 1053 dwPDw 3 H444 20170730
#> 5: 1085 BAur9 1 X292 20170914
#> 6: 1085 BAur9 2 U297 20170928
#> 7: 2675 gdxZK 1 H231 20170622
#> 8: 2675 gdxZK 2 Z286 20170622
#> 9: 2812 wtMG9 1 L913 20210111
#> 10: 2812 wtMG9 2 Y031 20210111
#> 11: 2950 hUxGn 1 U051 20170724
#> 12: 2950 hUxGn 2 Y981 20170724
#> 13: 2950 hUxGn 3 U212 20170729
#> 14: 2950 hUxGn 4 Y973 20170729
#> 15: 2950 hUxGn 5 Y982 20170729
#> 16: 2950 hUxGn 6 Z926 20170729
#> 17: 2950 hUxGn 7 O161 20170729
#> 18: 7757 dw3dO 1 X403 20171114
#> 19: 8180 qpgk5 1 K634 20201202
#> 20: 8180 qpgk5 2 Y534 20201202
#> 21: 8180 qpgk5 3 Z941 20201202
#> 22: 8548 npplb 1 U071 20210104
#> 23: 8548 npplb 2 Y981 20210104
#> 24: 11830 Uu0Sd 1 X384 20170313
#> 25: 12411 DAlUZ 1 H251 20210105
#> 26: 12411 DAlUZ 2 Z286 20210105
#> 27: 14001 ivTmN 1 X403 20171107
#> id spell_id order_n opcs date