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A continuous inpatient (CIP) spell is a continuous period of care within the NHS, which does allow specific types of transfers to take place. It can therefore be made up of one or more provider spells. A CIP spell starts when a decision has been made to admit the patient, and a consultant has taken responsibility for their care. The spell ends when the patient dies or is discharged from hospital. This follows the NHS Digital Provider Spells Methodology: http://content.digital.nhs.uk/media/11859/Provider-Spells-Methodology/pdf/Spells_Methodology.pdf
Usage
cip_spells(
x,
group_vars,
spell_start_date,
admission_method,
admission_source,
spell_end_date,
discharge_destination,
patient_classification,
.forceCopy = FALSE
)Arguments
- x
a data frame; will be converted to a data.table
- group_vars
a vector containing any variables to be used for record grouping, minimum is a patient identifier
- spell_start_date
Inpatient provider spell or episode admission date
- admission_method
CDS admission method code
- admission_source
CDS admission source code
- spell_end_date
Inpatient provider spell or episode discharge date
- discharge_destination
CDS discharge destination code
- patient_classification
CDS patient classification code
- .forceCopy
default FALSE; TRUE will force data.table to take a copy instead of editing the data without reference
Value
the original data.frame as a data.table with the following new fields:
cip_indxan id field for the CIP spell
cip_spell_startthe start date for the CIP spell
cip_spell_endthe end date for the CIP spell
Examples
cip_test <- data.frame(
id = c('465','465','465','465','8418','8418','8418',
'8418','8418','8418','8418','8418','26443',
'26443','26443','33299','33299','33299','33299',
'33299','33299','33299','33299','33299','33299',
'52635','52635','52635','52635','52635','52635',
'52635','52635','52635','52635','52635','52635',
'52635','52635','52635','52635','52635','52635',
'52635','52635','52635','52635','52635','52635',
'52635','52635','52635','78915','78915','78915'),
provider = c('X1T','X1T','X1T','X1T','KHA','KHA','KHA',
'KHA','KHA','KHA','KHA','KHA','BX2','BX2',
'BX2','PXH','PXH','PXH','PXH','PXH','PXH',
'PXH','PXH','PXH','PXH','9HA','9HA','9HA',
'9HA','9HA','9HA','9HA','9HA','9HA','9HA',
'9HA','9HA','9HA','9HA','9HA','9HA','YYT',
'YYT','YYT','YYT','YYT','YYT','YYT','YYT',
'YYT','YYT','YYT','ABX','ABX','ABX'),
spell_start = as.Date(c(
'2020-03-07','2020-03-07','2020-03-25','2020-04-03','2020-01-25',
'2020-01-26','2020-07-14','2020-08-02','2020-08-12','2020-08-19',
'2020-08-19','2020-11-19','2019-11-12','2020-04-17','2020-04-23',
'2020-07-03','2020-01-17','2020-02-07','2020-03-20','2020-04-27',
'2020-06-21','2020-07-02','2020-10-17','2020-11-27','2021-01-02',
'2019-12-31','2020-01-02','2020-01-14','2020-01-16','2020-02-07',
'2020-02-11','2020-02-14','2020-02-18','2020-02-21','2020-02-25',
'2020-02-28','2020-03-09','2020-03-11','2020-03-12','2020-03-13',
'2020-03-14','2020-02-04','2020-02-07','2020-02-11','2020-02-14',
'2020-02-18','2020-02-21','2020-02-25','2020-02-28','2020-03-09',
'2020-03-11','2020-03-12','2020-04-16','2020-04-24','2020-05-13')),
spell_end = as.Date(c(
'2020-03-07','2020-03-25','2020-04-02','2020-04-27','2020-01-25',
'2020-01-27','2020-07-17','2020-08-07','2020-08-14','2020-08-19',
'2020-08-22','2020-12-16','2020-04-17','2020-04-23','2020-05-20',
'2020-07-24','2020-01-28','2020-02-07','2020-03-23','2020-04-29',
'2020-06-21','2020-07-03','2020-11-27','2021-01-02','2021-01-10',
'2019-12-31','2020-01-11','2020-01-14','2020-02-04','2020-02-07',
'2020-02-11','2020-02-14','2020-02-18','2020-02-21','2020-02-25',
'2020-02-28','2020-03-09','2020-03-11','2020-03-12','2020-03-13',
'2020-03-30','2020-02-07','2020-02-11','2020-02-14','2020-02-18',
'2020-02-21','2020-02-25','2020-02-28','2020-03-09','2020-03-11',
'2020-03-12','2020-03-13','2020-04-24','2020-05-13','2020-06-11')),
adm_meth = c('21','81','21','81','21','21','11','21','21','21','21',
'21','21','81','21','81','21','21','21','21','21','21',
'21','13','13','12','22','12','2D','13','13','13','13',
'13','13','13','13','13','13','13','21','81','81','81',
'81','81','13','81','81','13','13','13','21','11','81'),
adm_src = c('19','51','19','51','19','51','19','51','19','19','19',
'51','19','51','19','51','19','19','19','19','19','19',
'19','51','19','19','19','19','19','19','19','19','19',
'19','19','19','51','51','51','51','19','51','51','51',
'51','51','51','51','51','51','51','51','19','51','51'),
dis_meth = c('1','1','1','1','1','1','1','1','1','1','1','4','1','1',
'4','1','1','1','1','1','1','1','8','1','4','1','1','1',
'1','1','1','1','1','1','1','1','1','1','1','1','1','1',
'1','1','1','1','1','1','1','1','1','1','1','1','2'),
dis_dest = c('51','51','51','54','51','19','19','19','19','51','19',
'79','51','51','79','65','19','19','19','19','19','29',
'98','51','79','19','19','19','51','19','19','19','51',
'51','51','19','19','51','51','19','51','51','51','51',
'51','51','51','51','51','51','51','51','29','54','19'),
patclass = c('1','1','1','1','1','1','1','1','1','1','1','1','1','1',
'1','1','1','1','1','1','1','1','1','1','1','2','1','2',
'1','2','2','2','2','2','2','2','2','2','2','2','1','1',
'1','1','1','1','1','1','1','1','1','1','1','1','1')
)
cip_spells(x=cip_test,
group_vars = c('id','provider'),
patient_classification = 'patclass',
spell_start_date = 'spell_start',
admission_method = 'adm_meth',
admission_source = 'adm_src',
spell_end_date = 'spell_end',
discharge_destination = 'dis_dest'
)[]
#> id provider spell_start spell_end adm_meth adm_src dis_meth dis_dest
#> <char> <char> <Date> <Date> <char> <char> <char> <char>
#> 1: 26443 BX2 2019-11-12 2020-04-17 21 19 1 51
#> 2: 26443 BX2 2020-04-17 2020-04-23 81 51 1 51
#> 3: 26443 BX2 2020-04-23 2020-05-20 21 19 4 79
#> 4: 33299 PXH 2020-01-17 2020-01-28 21 19 1 19
#> 5: 33299 PXH 2020-02-07 2020-02-07 21 19 1 19
#> 6: 33299 PXH 2020-03-20 2020-03-23 21 19 1 19
#> 7: 33299 PXH 2020-04-27 2020-04-29 21 19 1 19
#> 8: 33299 PXH 2020-06-21 2020-06-21 21 19 1 19
#> 9: 33299 PXH 2020-07-02 2020-07-03 21 19 1 29
#> 10: 33299 PXH 2020-07-03 2020-07-24 81 51 1 65
#> 11: 33299 PXH 2020-10-17 2020-11-27 21 19 8 98
#> 12: 33299 PXH 2020-11-27 2021-01-02 13 51 1 51
#> 13: 33299 PXH 2021-01-02 2021-01-10 13 19 4 79
#> 14: 465 X1T 2020-03-07 2020-03-07 21 19 1 51
#> 15: 465 X1T 2020-03-07 2020-03-25 81 51 1 51
#> 16: 465 X1T 2020-03-25 2020-04-02 21 19 1 51
#> 17: 465 X1T 2020-04-03 2020-04-27 81 51 1 54
#> 18: 52635 9HA 2019-12-31 2019-12-31 12 19 1 19
#> 19: 52635 9HA 2020-01-02 2020-01-11 22 19 1 19
#> 20: 52635 9HA 2020-01-14 2020-01-14 12 19 1 19
#> 21: 52635 9HA 2020-01-16 2020-02-04 2D 19 1 51
#> 22: 52635 9HA 2020-02-07 2020-02-07 13 19 1 19
#> 23: 52635 9HA 2020-02-11 2020-02-11 13 19 1 19
#> 24: 52635 9HA 2020-02-14 2020-02-14 13 19 1 19
#> 25: 52635 9HA 2020-02-18 2020-02-18 13 19 1 51
#> 26: 52635 9HA 2020-02-21 2020-02-21 13 19 1 51
#> 27: 52635 9HA 2020-02-25 2020-02-25 13 19 1 51
#> 28: 52635 9HA 2020-02-28 2020-02-28 13 19 1 19
#> 29: 52635 9HA 2020-03-09 2020-03-09 13 51 1 19
#> 30: 52635 9HA 2020-03-11 2020-03-11 13 51 1 51
#> 31: 52635 9HA 2020-03-12 2020-03-12 13 51 1 51
#> 32: 52635 9HA 2020-03-13 2020-03-13 13 51 1 19
#> 33: 52635 9HA 2020-03-14 2020-03-30 21 19 1 51
#> 34: 52635 YYT 2020-02-04 2020-02-07 81 51 1 51
#> 35: 52635 YYT 2020-02-07 2020-02-11 81 51 1 51
#> 36: 52635 YYT 2020-02-11 2020-02-14 81 51 1 51
#> 37: 52635 YYT 2020-02-14 2020-02-18 81 51 1 51
#> 38: 52635 YYT 2020-02-18 2020-02-21 81 51 1 51
#> 39: 52635 YYT 2020-02-21 2020-02-25 13 51 1 51
#> 40: 52635 YYT 2020-02-25 2020-02-28 81 51 1 51
#> 41: 52635 YYT 2020-02-28 2020-03-09 81 51 1 51
#> 42: 52635 YYT 2020-03-09 2020-03-11 13 51 1 51
#> 43: 52635 YYT 2020-03-11 2020-03-12 13 51 1 51
#> 44: 52635 YYT 2020-03-12 2020-03-13 13 51 1 51
#> 45: 78915 ABX 2020-04-16 2020-04-24 21 19 1 29
#> 46: 78915 ABX 2020-04-24 2020-05-13 11 51 1 54
#> 47: 78915 ABX 2020-05-13 2020-06-11 81 51 2 19
#> 48: 8418 KHA 2020-01-25 2020-01-25 21 19 1 51
#> 49: 8418 KHA 2020-01-26 2020-01-27 21 51 1 19
#> 50: 8418 KHA 2020-07-14 2020-07-17 11 19 1 19
#> 51: 8418 KHA 2020-08-02 2020-08-07 21 51 1 19
#> 52: 8418 KHA 2020-08-12 2020-08-14 21 19 1 19
#> 53: 8418 KHA 2020-08-19 2020-08-19 21 19 1 51
#> 54: 8418 KHA 2020-08-19 2020-08-22 21 19 1 19
#> 55: 8418 KHA 2020-11-19 2020-12-16 21 51 4 79
#> id provider spell_start spell_end adm_meth adm_src dis_meth dis_dest
#> patclass proxy_missing cip_indx cip_spell_start cip_spell_end
#> <char> <num> <char> <Date> <Date>
#> 1: 1 0 1.3.0 2019-11-12 2020-05-20
#> 2: 1 0 1.3.0 2019-11-12 2020-05-20
#> 3: 1 0 1.3.0 2019-11-12 2020-05-20
#> 4: 1 0 2.10.0 2020-01-17 2020-01-28
#> 5: 1 0 2.10.1 2020-02-07 2020-02-07
#> 6: 1 0 2.10.2 2020-03-20 2020-03-23
#> 7: 1 0 2.10.3 2020-04-27 2020-04-29
#> 8: 1 0 2.10.4 2020-06-21 2020-06-21
#> 9: 1 0 2.10.5 2020-07-02 2020-07-24
#> 10: 1 0 2.10.5 2020-07-02 2020-07-24
#> 11: 1 0 2.10.6 2020-10-17 2021-01-10
#> 12: 1 0 2.10.6 2020-10-17 2021-01-10
#> 13: 1 0 2.10.6 2020-10-17 2021-01-10
#> 14: 1 0 3.4.0 2020-03-07 2020-04-02
#> 15: 1 0 3.4.0 2020-03-07 2020-04-02
#> 16: 1 0 3.4.0 2020-03-07 2020-04-02
#> 17: 1 0 3.4.1 2020-04-03 2020-04-27
#> 18: 2 0 4.16.0 2019-12-31 2019-12-31
#> 19: 1 0 4.16.1 2020-01-02 2020-01-11
#> 20: 2 0 4.16.2 2020-01-14 2020-01-14
#> 21: 1 0 4.16.3 2020-01-16 2020-02-04
#> 22: 2 0 4.16.4 2020-02-07 2020-02-07
#> 23: 2 0 4.16.5 2020-02-11 2020-02-11
#> 24: 2 0 4.16.6 2020-02-14 2020-02-14
#> 25: 2 0 4.16.7 2020-02-18 2020-02-18
#> 26: 2 0 4.16.8 2020-02-21 2020-02-21
#> 27: 2 0 4.16.9 2020-02-25 2020-02-25
#> 28: 2 0 4.16.10 2020-02-28 2020-02-28
#> 29: 2 0 4.16.11 2020-03-09 2020-03-09
#> 30: 2 0 4.16.12 2020-03-11 2020-03-11
#> 31: 2 0 4.16.13 2020-03-12 2020-03-12
#> 32: 2 0 4.16.14 2020-03-13 2020-03-13
#> 33: 1 0 4.16.16 2020-03-14 2020-03-30
#> 34: 1 0 5.11.0 2020-02-04 2020-03-13
#> 35: 1 0 5.11.0 2020-02-04 2020-03-13
#> 36: 1 0 5.11.0 2020-02-04 2020-03-13
#> 37: 1 0 5.11.0 2020-02-04 2020-03-13
#> 38: 1 0 5.11.0 2020-02-04 2020-03-13
#> 39: 1 0 5.11.0 2020-02-04 2020-03-13
#> 40: 1 0 5.11.0 2020-02-04 2020-03-13
#> 41: 1 0 5.11.0 2020-02-04 2020-03-13
#> 42: 1 0 5.11.0 2020-02-04 2020-03-13
#> 43: 1 0 5.11.0 2020-02-04 2020-03-13
#> 44: 1 0 5.11.0 2020-02-04 2020-03-13
#> 45: 1 0 6.3.0 2020-04-16 2020-06-11
#> 46: 1 0 6.3.0 2020-04-16 2020-06-11
#> 47: 1 0 6.3.0 2020-04-16 2020-06-11
#> 48: 1 0 7.8.0 2020-01-25 2020-01-25
#> 49: 1 0 7.8.1 2020-01-26 2020-01-27
#> 50: 1 0 7.8.2 2020-07-14 2020-07-17
#> 51: 1 0 7.8.3 2020-08-02 2020-08-07
#> 52: 1 0 7.8.4 2020-08-12 2020-08-14
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#> 54: 1 0 7.8.5 2020-08-19 2020-08-22
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